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日军占领荷属东印度期间，虽非直接推动，但在政治、经济、社会等多方面给印尼独立运动带来了间接影响，为其独立埋下伏笔。
政治层面
- 削弱荷兰殖民统治根基：日军入侵并占领荷属东印度，将荷兰殖民者驱逐。荷兰在印尼长期建立的殖民统治体系遭到严重破坏，殖民机构瓦解，统治力量大幅削弱。战后荷兰虽试图恢复殖民统治，但已难以重拾往日权威，为印尼独立运动减少了强大的外部阻碍。
- 培养本土政治人才：日军为了巩固在印尼的统治，扶持了一些印尼本土政治人物，给予他们一定的政治空间和权力。这些人在参与政治的过程中积累了经验，提高了政治意识和组织能力。例如苏加诺等民族领袖，在日军占领时期得到了一定的发展机会，他们后来成为印尼独立运动的核心人物，领导印尼人民争取独立。
经济层面
- 破坏原有经济结构：日军占领期间，为了满足自身战争需求，对印尼的经济进行了掠夺式开发。他们强制征收物资、劳动力，破坏了原有的经济秩序和产业结构。这使得印尼人民对殖民经济的依赖程度降低，同时也激发了他们对自主发展经济的渴望，为独立后建立自主经济体系奠定了思想基础。
- 促进民族经济意识觉醒：在日军经济控制下，印尼民族工商业者面临诸多困境，但也促使他们更加深刻地认识到经济独立的重要性。他们开始思考如何摆脱外国经济的控制，发展本土经济，这种经济意识的觉醒为独立运动提供了经济层面的动力。
社会层面
- 激发民族意识：日军的占领和统治激起了印尼人民的民族反抗情绪。在共同抵抗外敌的过程中，印尼不同民族、阶层的人民团结在一起，民族认同感和凝聚力得到极大增强。这种民族意识的觉醒成为推动独立运动的强大精神力量。
- 传播独立思想：日军占领期间，各种思想得以传播，其中包括独立、自由等观念。印尼的知识分子和青年学生受到这些思想的影响，积极传播独立思想，组织各种活动，为独立运动营造了良好的社会氛围，动员了更多的民众参与到独立斗争中来。